1977 Yılında Aşkale Ortabahçe (Cinis) Köyünde doğdu. İlkokulu Ortabahçe Köyü ve Erzurum Atatürk İlkokulu’nda, Ortaokulu Sabancı Ortaokulu’nda ve Liseyi Erzurum Lisesi’nde okudu. 1996 Yılında girdiği Atatürk Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fizik Bölümü’nden 2000 Yılında bölüm birincisi olarak mezun oldu.
2001 Yılında Atatürk Üniversitesi Fen Fakültesi Fizik Bölümünde Araştırma Görevlisi olarak akademik hayatına başlayan Mutlu Kundakçı, 2007 Yılında Yardımcı Doçent, 2012’ de Doçent, ve 2016 Yılında Profesör oldu. 2015-2016 Yılında Atatürk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Müdür Yardımcısı, 2016-2021 Yılları arasında İspir Hamza Polat Meslek Yüksekokulu Müdürü olarak görev yaptı. 2021 Yılı Şubat ayında Aşkale Meslek Yüksekokulu Müdürlüğü görevine atanan Prof. Dr. Mutlu KUNDAKÇI evli olup iki çocuk babasıdır.